Morfologi (av klassisk grekiska μορφή, "form") är inom biologin och de medicinska vetenskaperna läran om skillnaderna och likheterna mellan organismers anatomi. Morfologi brukar därför också benämnas jämförande anatomi.
I zoomorfologi studeras djurens morfologi och i växtmorfologi studeras växters, svampars och algers morfologi.
Inom mikrobiologin skiljer man på bakterier beroende på deras form, och skiljer på: