Johan Henrik Nebelong ble født den 20. juli 1817 i København i Danmark som sønn av skomakermester Johan Henrik Nebelong og hustru Anna Christine (født Schreyber). Han var yngre bror av arkitekten Niels Sigfred Nebelong (1806–1871). Den 11. november 1843 ble han gift i Christiania med Christiane Palmine Wunderlich (født 7. april 1816 i København, død samme sted 31. januar 1918). Han ble utdannet ved Det Kongelige Danske Kunstakademi i København i perioden 1833–1839, hvor han hadde
professor G.F. Hetsch som lærer og ble tildelt utmerkelsene lille sølvmedalje 1838 og store sølvmedalje i 1839.
Sammen med blant andre I.C. Dahl var han med på å stifte Foreningen til Norske Fortidsminnesmerkers Bevaring i 1844 og satt i styret fram til 1853, da han vendte tilbake til København og arbeidet ved Kunstakademiets Arkitektskole i årene 1853–1855. Han var medlem av Charlottenborgs Utstillingskommisjon 1858–1866 og bygningsinspektør for Københavns 1. Distrikt 1856–1858. Han ble utnevnt til titulær professor 1860 og medlem av Akademiet fra 1855.
1846 – Wergelandsveien 29, nygotisk villa som egen bolig 1847, revet 1918 for oppføring av lærerskole (nå: Oslo lærerhøgskole)
1847 – Wergelandsveien 25, villa
1847 – Rosenkrantz' gate 7, opprinnelig som Nissens gutteskole, senere ombygget til Christiania Haandværks- og Industriforening (1882)
1847 – Sørligata 54, «Heibergløkken» eller «Professorløkken», sommerbolig for professor Christian Heiberg. Senere bygget om til barnehage (1960), nåværende gateadresse Økernveien 4.
1847–1852 Oscarshall lystslott med kavalerbygning, portnerbolig, parkanlegg og gartneri på Bygdøy
1848 – Hovedbygningen på Bærums Verk for hoffsjef baron Harald Wedel Jarlsberg
1849 – Gravmonument i stein og støpejern for jernverkseier Jacob Aall på Holt kirkegård ved Arendal
