De Gauliga Bayern 1939/40 was het zevende voetbalkampioenschap van de Gauliga Bayern, officieel nu de Bereichsklasse Bayern. Na de eerste speeldag brak de Tweede Wereldoorlog uit, maar de competitie ging voort. Andere competities in Zuid-Duitsland werden in regionale groepen verdeeld en daar ging de competitie pas eind november van start, maar in Beieren werd op 29 oktober 1939 de competitie hervat met een competitie met tien clubs in één reeks. Omdat het volgende seizoen de competitie wel opgesplitst zou worden was er dit jaar geen degradatie.
1. FC Nürnberg werd kampioen en plaatste zich voor de eindronde om de Duitse landstitel, waar de club in de groepsfase uitgeschakeld werd.