Fra i tentativi di depistaggio messi in atto da Musumeci insieme a Belmonte, entrambi iscritti alla loggia P2, ci fu il ritrovamento sul treno Taranto-Milano del 13 gennaio 1981 di una valigia contenente armi, esplosivo e documenti falsi al fine di indirizzare le indagini sulle responsabilità della strage di Bologna verso una falsa pista estera.[2][9]
Pochi mesi prima, lo stesso Musumeci aveva prodotto un dossier falso, intitolato Terrore sui treni[10], con gli stessi fini di deviare le indagini verso una pista internazionale. Secondo questa ricostruzione fittizia, i terroristi esteri, pur avendo contatti con membri dell'eversione nera italiana, venivano additati come gli ideatori dell'attentato di Bologna[11].
Di seguito sono riportate le fasi principali del processo in cui è stato coinvolto Musumeci:
11 luglio 1988: In merito al processo per la strage di Bologna Musumeci è condannato in primo grado a 10 anni per calunnia pluriaggravata.
18 luglio 1990: gli anni di condanna sono ridotti a tre in appello, e condonati. Il 12 febbraio 1992 la corte di cassazione annulla la sentenza di appello e il processo ricomincia.