La sezione femminile del Football Club de Nantes nasce nell'estate 2012, con l'obiettivo di diventare a lungo termine una squadra di calcio femminile competitiva su scala nazionale.[1]
Dopo aver formato una formazione Under-11, tra il 13 ed il 14 ottobre dello stesso anno il club disputa la sua prima partita ufficiale in ambito giovanile, vinta 7-1 contro l'AS Saffré.[1]
Nel 2014, dopo aver fallito una fusione con varie società locali, tra cui il Nantes Saint-Herblain, principale club calcistico cittadino attivo nel calcio femminile, viene creata una prima squadra che viene ammessa nella Division 3 du District de Football de Loire-Atlantique.[2]
In poco tempo la squadra gialloverde ha scalato la gerarchia distrettuale del calcio femminile accendendo, nel 2017-2018, in Régional 2.
Conclusa la stagione al primo posto nel proprio girone e raggiungendo contemporaneamente la finale della Coupe des Pays de la Loire,[3] il club riceve l'accesso alla Régional 1.
Nel 2018-2019 il Nantes conclude la stagione al secondo posto in classifica dietro il Le Mans per un solo punto.[4] Conquista comunque l'accesso ai play-off dove batte il CA Paris[5] e lo stesso Le Mans, aggiudicandosi la promozione nella seconda serie nazionale, la Division 2 Féminine.[1]
Nelle prime due stagioni nella seconda serie nazionale, caratterizzate dall'arrivo della pandemia di COVID-19, il Nantes ottiene un quarto posto nel proprio gruppo di appartenenza nel 2019-2020;[6] mentre nel 2020-2021 il club vede sfumare la prima promozione in massima serie a causa della prematura interruzione del campionato in un momento in cui il Nantes era classificato al secondo posto. Nonostante la possibilità di una promozione diretta decisa dalla Federcalcio francese, alla fine viene deciso che il solo Saint-Étienne sarebbe stato promosso e che il Nantes sarebbe rimasto in Division 2.[7]
In apertura della stagione successiva, il 30 luglio 2021, il club annuncia la nomina di Mathieu Ricoul,[8] fino ad allora vice allenatore e preparatore dei portieri, come tecnico, al posto di Tanguy Fétiveau che guidava la squadra dal giugno 2017.
Vista l'ambizione all'ascesa nella piramide calcistica francese per la stagione il club stanzia per la stagione un budget di un milione di euro e dodici contratti federali (il massimo in D2).[9] Durante la stagione, le gialloverdi mancano di poco la promozione nella massima serie arrivando secondi nel proprio girone. Nonostante il risultato positivo, all'inizio dell'anno successivo, il club affonda in una crisi finanziaria, che porta sulla panchina del club l'ex calciatore gialloverde Oswaldo Vizcarrondo.[10] La squadra, classificata settima su dodici alla fine della stagione regolare, viene retrocessa in Division 3, ma a causa della liquidazione del Soyaux mantiene il proprio posto in Division 2.[11][12]
La stagione successiva il club si classifica secondo in campionato dietro al solo Strasburgo, ottenendo una storica qualificazione nel massimo campionato francese.[13]
I colori ufficiali del club sono gli stessi della sezione maschile, il giallo ed il verde, che non erano altro che i colori con i quali correvano i fantini in sella ad Ali Pasha, il miglior cavallo della scuderia di Jean Le Guillou, uno dei primi presidenti dei gialloverdi.[14][15]