Wulffen absolvierte ein Studium der Philosophie und Linguistik an der Universität Konstanz. Seit 1982 war er tätig als Kunstrezensent für die Berliner Tageszeitung Der Tagesspiegel. Zunächst nebenberuflich lieferte er Beiträge für Fachzeitschriften wie „Kunstforum International“ (Köln), „Artscribe“ (London), „Flash Art“ (Mailand) sowie „Noema“ und „Pan“. Ab 1984 war er hauptberuflich freier Journalist und Kunstkritiker. 1987 übernahm er für das Berliner Stadtmagazins Zitty eine Aufgabe als verantwortlicher Redakteur für den Bereich Bildende Kunst, wo er zuvor freier Mitarbeiter gewesen war. Zusätzlich war er Herausgeber und Autor der DokumentationRealkunst-Realitätskünste – Eine Begriffsbestimmung und begleitendes Material. Ab 1992 wurde er fester Berlin-Korrespondent der Kunstmagazine „Forum International“ aus Antwerpen und „Zyma“ aus Stuttgart. Zudem war er Herausgeber eines Kunstmagazins namens „below papers“ 1993–1994.
Seit den späten 1980ern übernahm Wulffen regelmäßig Aufgaben als Kurator und verfasste Katalogbeiträge. Ab 2001 war er Mitarbeiter der Berliner Seiten der FAZ und des artist kunstmagazins. Im April 2008 wurde er zum Präsidenten der deutschen Sektion der Internationalen Assoziation der Kunstkritiker AICA gewählt.[3] Im Jahre 2011 legte er diese Funktion nieder.
Thomas Wulffen lebte und arbeitete in Berlin. Seine Brüder Christian Wulffen und Stephan Schmidt-Wulffen befassen sich ebenfalls mit Aspekten der Kunst. Wulffen starb Anfang Mai 2023 nach langer Krankheit in Berlin.[4]