Herzog in Bayern war ein Titel, den u. a. die Wittelsbacher-Herzöge von Pfalz-Zweibrücken und die von ihnen abstammenden Nebenlinien führten.
Der vollständige Titel von Karl I., dem Stammvater des Hauses Pfalz-Birkenfeld, lautete: „Pfalzgraf bei Rhein, Herzog in Bayern, Graf zu Veldenz und Sponheim“. Allerdings standen nach dem pfälzischen Primogeniturrecht nur die regierenden Herzöge von Zweibrücken tatsächlich im Rang eines Herzogs, die übrigen Familienmitglieder hatten den Rang eines Pfalzgrafen.
Bedeutung erlangte der Titel ab 1799 durch die Wittelsbacher Nebenlinie Pfalz-Zweibrücken-Birkenfeld-Gelnhausen, die ihren genealogischen Ursprung mit Johann Karl von Birkenfeld-Gelnhausen (1638–1704), dem Bruder von Christian II. von Pfalz-Birkenfeld, und seinen – nach langem Prozess legitimierten – Nachfahren aus seiner zweiten Ehe mit Esther-Marie von Witzleben (1665–1725) nimmt. Nachdem Maximilian Joseph von Pfalz-Birkenfeld-Zweibrücken 1799 bayerischer und pfälzischer Kurfürst geworden war, erhob er seinen Vetter Wilhelm aus der Gelnhäuser Linie auch tatsächlich in den Herzogsstand. Bereits 1797 hatte Max Joseph mit Wilhelm als dem Haupt der einzigen noch bestehenden weiteren Nebenlinie der Wittelsbacher den Ansbacher Hausvertrag geschlossen, in dem die Einheit und Unteilbarkeit der wittelsbachischen Länder festgelegt wurde.[1] Als Bayern 1806 Königreich wurde, durfte Wilhelm sich zugleich „Königliche Hoheit“ nennen.
Ludwig Wilhelm adoptierte nach dem Tod seiner Ehefrau 1968 den Enkel seiner Schwester Marie Gabrielle, die den Kronprinzen Rupprecht von Bayern geheiratet hatte, Max Emanuel Prinz von Bayern, der seither den Namen Herzog in Bayern führt. Er erbte die Besitzungen in Tegernsee, Kreuth und Banz (sowie aus der königlichen Linie das Schloss Wildenwart).
Gegenwärtiges Oberhaupt der Linie ist, durch 1965 erfolgte bürgerlich-rechtliche Adoption, Max in Bayern, der leibliche Bruder und designierte Nachfolger des derzeitigen Chefs des Hauses Wittelsbach, Franz von Bayern. Seine Großmutter war die letzte bayerische Kronprinzessin Marie Gabriele geb. Herzogin in Bayern. Über ihn entstammt auch seine älteste Tochter, die gegenwärtige Erbprinzessin Sophie von Liechtenstein, der Linie.
Im Jahr 1895 ließ Herzog Carl Theodor († 1909) in der ehemaligen Klosterkirche St. Quirin von Kloster Tegernsee eine Familiengruft für die Herzöge in Bayern anlegen, in der heute insgesamt 19 Personen ruhen.[2]