Die Familie von Fleckenstein war ein elsässisches Adelsgeschlecht. Namensgebend war die Burg Fleckenstein im Wasgau.
Das Ministerialengeschlecht, das in der Stauferzeit einen ersten Aufschwung erfuhr, stellte je einen Bischof von Worms und Basel, eine Reihe von Stiftsherren in Basel, Speyer und Trier, mehrere Reichsschultheißen in Weißenburg im Elsass und Hagenau, elsässische Unterlandvögte, pfälzische Hofmeister und Amtmänner und zwei Statthalter in der Markgrafschaft Baden-Durlach.
Urkundlich erstmals erwähnt wurde 1129 aus der Familie ein Gottfried. Sein Enkel führte den Titel eines marschallus de hagenoa (Haguenau). Dessen staufertreuer Sohn Heinrich I. wurde als erster der Familie Reichsschultheiß von Hagenau (1248–1259). Er teilte die Herrschaft Fleckenstein unter den dreien seiner Söhne, die weltlich blieben, auf und stiftete dadurch die Linien:[1]
Die Familie wurde 1467 in den Reichsfreiherrenstand erhoben. Letzter des Hauses war Heinrich-Jakob von Fleckenstein-Windeck (1636–1720).
Der einzige Sohn Heinrich Jakobs von Fleckenstein-Windeck, Friedrich Jakob, hatte sich 1710 das Leben genommen. Sein Vater, Heinrich Jakob, ordnete seinen Nachlass, und ein Beschluss des französischen Königs bestätigte, dass die Baronie als solche aufgelöst werde, und die Lehen an den König als obersten Lehnsherrn fielen. Der König belehnte damit den Fürsten von Soubise Hercule-Mériadec de Rohan; es entspann sich ein Erbstreit mit den Ehemännern der Töchter Heinrich Jakobs, der 1725 noch im Gange war.[2] Mit der französischen Revolution 1789 wurde aller Adelsbesitz als Nationaleigentum eingezogen.