Gegründet wurde die Schule 1964.[4] In jenem Jahr fand am 11. April die Eröffnung der Schule statt.[5] Träger waren der Kirchenkreis Siegen und der damalige Kreis Siegen (heute Kreis Siegen-Wittgenstein). Sie war für etwa 600 Schüler konzipiert und besitzt 40 Unterrichtsräume, Fachräume für Biologie, Physik, Chemie, Informatik, Musik, Kunst und Erdkunde. Dazu kommen zwei große Räume, die als Versammlungsraum zusammengelegt werden können, ein Fahrschülerraum, ein Besprechungszimmer, ein Raum für die Schülervertretung und die Schülerbücherei. Das ehemalige Wohnhaus des Schuldirektors, ein scherzhaft als Villa bezeichneter Bungalow auf dem Schulgelände, beherbergt heute ein Schülercafé, einen Andachtsraum und das Zimmer der Schülerzeitung. Außerdem stehen eine Sporthalle mit Gymnastikhalle, eine Außensportanlage sowie zwei Schulhöfe zur Verfügung.
Der Ausbau der Schule durch ein Selbstlernzentrum und eine weitere Bibliothek wurde 2011 vorgenommen.[6]
Das Evangelische Gymnasium Siegen-Weidenau ist ein staatlich anerkanntes Gymnasium und bietet alle Abschlüsse der Sekundarstufe I und II an.
Die Schule kooperiert mit der Kirchengemeinde Weidenau, den Schulreferaten des Kirchenkreises Siegen-Wittgenstein und der Landeskirche Bielefeld, dem Comenius-Institut der EKD, dem Evangelische Schulbund Nord sowie der Arbeitsgemeinschaft Evangelischer Schulbünde.
Der Prophet, die Schülerzeitung des Gymnasiums, wurde Sieger in der Kategorie Layout beim Schülerzeitungswettbewerb 2002/3 des Spiegel.[7]
Das Evangelische Gymnasium Siegen-Weidenau ist Mitglied der Initiative Schule ohne Rassismus mit der Patin Annette Kurschus[8] und setzt sich gegen Rassismus mit einem „Tag gegen Rechts“ ein.[9]
Die Schule nahm auf der Kirchenmeile des NRW-Tag 2010 in Siegen mit einem eigenen Stand teil.[10]