Alois Kernbauer (* 9. Oktober 1955 in Vorau, Steiermark) ist ein österreichischer Historiker und Archivar.
Nach der Reifeprüfung in Hartberg studierte er Geschichte, Germanistik, Rechtsgeschichte, Philosophie an der Karl-Franzens-Universität Graz (Dr. phil. 1982) und erwarb die Lehrbefähigung für Gymnasien (Mag. phil. 1983). Ab 1982 war er Assistent am Institut für Geschichte der Universität Graz, seit 1988 Beamter des höheren wissenschaftlichen Dienstes am Universitätsarchiv Graz und Mitarbeiter bzw. Leiter bei Forschungsprojekten.
Seit 1984 war er Lehrbeauftragter am Institut für Geschichte der Geisteswissenschaftlichen Fakultät der Universität Graz, ab 1988 auch an der Medizinischen Fakultät und seit Jänner 1993 Leiter des Universitätsarchivs der Karl-Franzens-Universität Graz. Im Jahr 1991 habilitierte er sich für das Fach „Österreichische Geschichte mit Einschluss der Wissenschaftsgeschichte Österreichs“ an der Karl-Franzens-Universität Graz, seit 1998 führt er den Berufstitel „Außerordentlicher Universitätsprofessor“.
Nach der Emeritierung Günther Hamanns supplierte er 1994 dessen Vorlesung an der Universität Wien und ging anschließend als Gastprofessor an die University of Minnesota (USA). Weitere Gastprofessuren führten ihn 2000 an die University of Alberta (Canada) und 2002 an die University of Missouri St. Louis (USA).
Seine Forschungsschwerpunkte liegen auf den Gebieten Zentraleuropäischen Geschichte, der Allgemeinen Wissenschaftsgeschichte, der Universitätsgeschichte und dem Konnex von Wissenschaftsentwicklung, Forschungsinstitutionen und sozio-kulturellen Rahmenbedingungen. Darüber hinaus beschäftigt er sich mit Fragen der Entstehung wissenschaftlicher Disziplinen seit dem 18. Jahrhundert[1], der Freiheit von Wissenschaft[2], der Rolle von Intuition[3] und von Zufall[4] in der Forschung sowie dem Konnex von wissenschaftlicher Tätigkeit und gesellschaftlicher Verantwortung[5] in der Geschichte. Seine Forschungen kreisen vor allem auch um Fragen von Wissenschaft und Universität im Nationalsozialismus.
Kernbauer ist seit 1993 Herausgeber der Publikationen aus dem Archiv der Universität Graz und Mitherausgeber der Mitteilungen der Österreichischen Gesellschaft für Wissenschaftsgeschichte.
Er gehört der CIHU/ICHU (Commission Internationale pour l'Historie des Universités/International Commission for the History of Universities) an.